El Laboratori Clínic Territorial fa la seqüenciació de mostres de PCR positives per determinar la variant de SARS-CoV-2

Tècnic al laboratori clínic territorial ubicat al Parc Hospitalari Martí i Julià

Es va iniciar el 10 de març juntament amb el laboratori de diagnòstic genètic de cardiologia, i des d’aleshores s’analitza el genoma complet del virus dels casos que l’Agència de Salut Pública vol identificar específicament, a més d’una mostra de PCR positives aleatòria de tota la Regió Sanitària de Girona 

Des d’aquesta primavera, el Laboratori Clínic Territorial de Girona, amb seu al Parc Hospitalari Martí i Julià, ha inclòs la seqüenciació de les soques de Covid19 a la seva cartera de serveis. El laboratori de Girona és un dels 8 laboratoris de Catalunya que participa en aquest procés de seqüenciació. Aquest procés es realitza de manera habitual a totes aquelles PCR positives de les quals l’Agència de Salut Pública en demana específicament identificar-ne la variant i de manera aleatòria a un percentatge de les mostres que cada setmana són recollides de diferents hospitals i centres d’atenció primària de la Regió Sanitària.

El procés de seqüenciació es realitza des del laboratori de diagnòstic genètic de cardiologia (Gencardio), situat a les instal·lacions de l’IDIBGI. Per a poder seqüenciar el SARS-CoV-2, primer de tot cal amplificar-lo mitjançant la tècnica de PCR, és a dir, fer moltes còpies del material genètic del virus per tenir-ne més quantitat i poder seqüenciar de manera més acurada. Donat que interessa detectar les diferents soques, es fa una ampliació de tot el virus, el que s’anomena seqüenciació completa o de genoma sencer. Amb aquest procés de seqüenciació completa, no només s’identifiquen les soques que existeixen actualment, sinó que també permet detectar-ne de noves.

Aquest procés es realitza amb un aparell d’ultraseqüencació, anomenat MiSeq, que es fan servir de manera rutinària al laboratori per a les anàlisis genètiques. Les dades són processades mitjançant eines bioinformàtiques per detectar les diferents variants del virus.

El procés de seqüenciació a Girona es va posar en marxa el 10 de març i des d'aleshores s’han processat més de 600 mostres, malgrat que prèviament ja se’n van seqüenciar 90 més en fase de proves. En aquest moment, se seqüencien entre 60 i 80 mostres cada setmana.

IASGIRONA
Divendres, 30 Juliol 2021